国际交流与合作
重大科学研究计划
与北京大学、武汉大学、厦门大学、中科院生物物理研究所、北京化工大学合作，完成“退行性疾病相关重要蛋白质翻译后修饰的化学生物学研究”项目。
北京大学医学部的合作
与张礼和院士合作进行国家自然科学基金委国际合作重大项目。
武汉大学的合作
与武汉大学章晓联教授合作执行国家自然科学2基金委重点项目：糖肽的合成及其免疫学性质研究
国家纳米中心的合作
与国家纳米科学中心王琛教授合作进行多肽及蛋白质表面自组装研究。
产业界合作
与北京民海生物科技有限公司合作，进行疫苗研发。
与Roche公司合作，研发抗HIV药物。
与Janssen公司合作，研发用于传染病免疫治疗的药物。
与海南中和药业有限公司合作，进行多肽药物研发和产业化。
与北京燕京啤酒集团公司对啤酒工艺的开发和研究方面有多项合作。
同中国食品发酵工业研究院的张五九教授也有广泛的合作。
国内交流与合作
中德交流
与马普学会的H.Waldmann教授签定双边交流合作协议，并派学生互访，合作进行国家自然科学基金委国际合作重大项目。
与洪堡大学O.Seitz签定合作意向，派学生互访，并共同申请合作项目。
与Mainz大学H.Kunz教授合作，合作完成中德科学中心项目，并互派学生。
与马普学会蛋白质折叠研究所所长、德国化学会副会长的G.Fischer教授进行互访交流。
中日交流
作为中方协调人参加日本京都大学Motonari Uesugi负责的Asian Chemical Biology Initiative项目。
与日本生物信息研究中心中西洋志签定合作协议，实验室共有5名同学到日本进行合作研究。
中美交流
与美国Maryland大学王来曦教授合作，完成国家自然科学基金委海外及港澳台学者合作研究项目。
中波交流
与波兰科学院分子与大分子研究中心主任、波兰科学院罗兹分院院长、国际纯粹与应用化学会主族化学分会主席M. Mikolajczyk院士签定合作协议，并被科技部列为双边合作重点项目。
此外，与M.Mihalski院士,J.Stec院士也有合作交流。
中澳交流
与澳大利亚墨尔本大学A.Bush教授合作，并互派学生
中丹交流
与丹麦Aarhus大学iNANO中心F.Besenbacher教授和董明东博士合作，完成国家自然科学基金中丹合作项目，并互派学生
